一、飼養密度降低導致豬舍陳本，用地成本增加。發酵床技術要求飼養密度降低，每頭豬需占地1.5㎡，而規模化、集約化豬場保持每頭豬1㎡的密度就可以。這個問題對于農戶的幾頭，幾十頭豬的規模來說不是問題，但是對于大豬場，問題就不小了。大豬場，飼養密度降低，要想保持存欄量和出欄量，勢必要擴大豬舍，那么就需要更多的土地。因此增加了豬舍成本，用地成本。
二、發酵床豬舍不能完整實施消毒防疫程序。發酵床的豬舍內不能使用化學消毒藥和抗生素類藥物。而當前規模化養豬受到疾病的威脅越來越嚴重，越來越復雜，病毒的感染，細菌的繼發感染，混合感染越來越嚴重。面對復雜的疫情，發酵床的益生菌，發酵床床體的溫度能解決問題嗎？？？事實證明，益生菌對抑制病毒沒有什么效果。那么一旦爆發疫情，不能使用消毒劑和抗菌藥，后果不堪設想。特別是規模化豬場，由于養豬規模大，密度大，實施嚴格的消毒程序，實施嚴格的生物安全措施是保證豬群安全、生產穩定的重要保障。而發酵床不讓對豬舍消毒，如何是好？？？？雖然發酵床床體中心溫度有50℃，對大多是細菌有一只殺滅作用，但是表面的呢？表面也就是在25℃左右，能殺滅嗎？表面靠益生菌殺滅？益生菌能解決病毒嗎？靠發酵床溫度和益生菌來抑制和殺滅有害菌和病毒是癡人說夢吧。不要跟我說在豬舍墊料鋪上塑料薄膜再消毒，這個方法很荒謬，很折騰！有豬的情況下怎么鋪薄膜？薄膜的成本不算啊，這也是增加成本了啊？也不要說可以消毒，不往墊料噴消毒藥就行。只消毒過道，不對豬舍內壁消毒能有多少效果？不消毒豬舍內壁，那豬舍內壁不是有很多細菌病毒繁殖了，當病菌達到一定的數量，不就很容易讓豬發病了？
三、墊料資源問題不能回避！農村散戶規模小，還很容易解決墊料的資源問題，規模化豬場問題就大了。我們豬場存欄超過2萬頭，照這樣算，每頭豬占1.5㎡，（母豬也算1.5㎡/頭的占地）就要超過3萬㎡的豬舍，墊料按60cm厚度算，就要1.8萬立方米的墊料，這么大的墊料需求，這么解決？這個不是因地制宜就能解決的。
四、發酵床的欄舍利用率低，不利于規模化豬場的生產需要。一般規模化豬場實施全進全出，出豬之后洗欄，消毒，干燥一周這樣就可以重新進豬飼養，而發酵床呢？發酵床豬舍出豬之后，要把墊料堆積，重新發酵15天到1個月之后才能進豬。
五、發酵床養豬不能達到全進全出的效果。為什么呢？這個主要是因為發酵床豬舍在出豬之后不能洗欄，不能用化學消毒藥對豬舍消毒。還有，豬舍在使用之后，由于豬的活動，在豬舍內墻壁上形成了一層污垢，這污垢主要是豬糞，豬的唾液及其他雜物。這些污垢存在有機物，肯定含有很多有害菌，病毒等等，若不能把這些污垢清洗，消毒，那么下一批豬進來之后很容易受到感染，發病。養豬人都知道全進全出的重要性，所以，想應用發酵床，想清楚再動手吧，不要被鋪天蓋地的宣傳迷惑，否則容易出現嚴重后果。
六、發酵床的溫度和濕度很難控制在一個理想水平。特別是在南方夏天，發酵床豬舍很容易出現高溫高濕的環境。怎么解決？裝大功率風扇？裝水簾降溫系統？給房頂淋水？噴霧？那這些措施的成本算了嗎？這樣一來怎么能說發酵床節省成本呢？降溫的電費成本低嗎？
七、發酵床養豬很費人工！！！這個我是用親身經歷說話，有數據為證的。
若按照一些資料所說的每個飼養員飼養800～1000頭，按照每頭豬占地面積1.5㎡來算，這個飼養員就是需要維護面積達1500㎡的發酵床。1畝 = 666.67 ㎡，那這個飼養員就要維護2.25畝墊料。很難想象，一個農民用牛耕2畝田大約需要3小時，一個人每隔一天就要用鐵鍬、耙子一鏟一鏟地對面積達2.25畝的地方進行翻動一遍，對集中的豬糞便分散深埋，這樣的勞動量還小嗎？這樣的勞動量怎么能說是節省勞力呢？根據我們試驗過程中的親身體驗，翻墊料比鏟豬糞更消耗體力，而飼養員也反應，管理發酵床的豬更累。或許可以使用小型挖掘機來翻墊料，那么按我公司的存欄豬2萬頭數目算，至少需要20臺小型挖掘機，這樣的投入何來節省？而小型挖掘機的維護消耗費用也不是一個小數目。
發酵床豬舍墊料的添加填入，以及達到使用年限后墊料的清理是一個巨大的工程。我們在做發酵床試驗中，在添加墊料時，只是飼養200頭育肥豬的發酵床豬舍，我們請了4個人，工作了兩天才把墊料添加填好，每人每天40塊，這樣人工除了飼養員人工就要多付320塊的人工費。假如我們場全用發酵床，按照之前算的1.8萬立方米的墊料，裝填和清理是一個怎樣大的工程！
八、說發酵床養出來的豬能賣更好的價錢，賣價可以多10%？這個目前也只是自己一廂情愿，實際上豬販不會給你加錢。
